Seal Team Six blijft in het tweede seizoen op zoek naar The Prince, de leider van de terroristische organisatie die dood en verderf brengt. Het brengt ze in de meest bijzondere uithoeken, van Azerbeidzjan tot Kosovo en Tjetsjenië. Maar het gevaar loert niet alleen in verre buitenlanden, het komt ook heel dichtbij als Rip, voormalige leider van het Seal Team vermoord wordt in de VS.