Aan de westkant van het museum worden 123 werken van de meester Botero zelf tentoongesteld, waaronder schilderijen, tekeningen en sculpturen. Deze werken laten de karakteristieke kenmerken van het werk van de kunstenaar zien: zijn buitengewone beheersing van de techniek, de samenhang van zijn visie, creativiteit, sensualiteit, het omgaan met volume, de smaak voor onverwachte details en die combinatie van ironie en respect die kenmerkend is voor zijn behandeling van Colombiaanse thema’s of zijn toespelingen op universele schilderkunst. Het zijn vooral werken uit de laatste decennia van de 20e eeuw die ons laten genieten van de taal en stijl die de schilder in zijn volwassen jaren kenmerkten.

Aan de oostkant van het huis bevindt zich de internationale collectie van het Botero Museum, bestaande uit 85 werken van het hoogste niveau die een zeer compleet beeld geven van de evolutie van de moderne schilderkunst en beeldhouwkunst. Het oudste werk is Gitane au tambourin (vóór 1862) van Camille Corot en het meest recente, het grote olieverfschilderij van Barceló (1998). Een collectie die vooraanstaande kunstenaars als Picasso, Léger, Renoir, Monet, Dalí, Giacometti, Beckmann, Freud, Calder en Bacon samenbrengt en die het Botero Museum tot een van de vijf belangrijkste openbare collecties van internationale kunst in Latijns-Amerika heeft gemaakt.